Hallinnointipalkkio on palkkio, jonka rahasto tilittää rahastoyhtiölle rahaston hoidosta. Hallinnointipalkkio määritetään vuosittaisena prosenttiosuutena koko rahaston arvosta ja se lasketaan sekä vähennetään päivittäin rahaston arvosta. Käytännössä tämä tarkoittaa sitä, että rahastoista esitettävät tuottoluvut ovat aina sellaisia, että niistä on jo vähennetty kiinteä hallinnointipalkkio.
Hallinnointipalkkion laskeminen tapahtuu seuraavasti. Otetaan esimerkiksi S-Asuntorahasto. Hallinnointipalkkio lasketaan jakamalla rahaston vuotuinen palkkioprosentti (1,90 %) todellisten päivien lukumäärällä vuoden aikana, kertomalla tämä luku rahaston edellisestä arvostuspäivästä kuluneiden päivien lukumäärällä ja kertomalla näin saatu summa lopuksi rahaston nettovarallisuuden arvolla edelliseltä arvostuspäivältä. Näin laskettu kiinteä hallinnointipalkkio vähennetään seuraavaksi rahasto-osuuden arvosta.
Se, miten suurta hallinnointipalkkiota rahastosta peritään, riippuu yleensä siitä, onko kyseessä korko-, osake-, yhdistelmä- vai jokin muu rahasto. Pääsääntöisesti hallinnointipalkkiot ovat yleensä pienimpiä kaikkein lyhyimpiin korkotuotteisiin sijoittavissa rahastoissa ja suurimpia osakkeisiin sekä vaihtoehtoisiin sijoituskohteisiin, kuten asuntoihin ja metsään, sijoittavissa rahastoissa.
